Les vitraux signés de l'artiste lyonnais Lucien Bégule, reconnu internationalement,  font la fierté de l'église. Il est connu pour avoir réalisé les vitraux de la chapelle de la basilique de Fourvière et gagné successivement une médaille d'argent avec le vitrail Saint-Georges à l'exposition Universelle de 1889 et une médaille d'or à celle de 1900 avec le vitrail Louise Labbé. 

Les verrières de l'église datent de 1891. Elles dévoilent la finesse des traits du maître verrier, autant dans la texture des étoffes que dans le modelé anatomique. Elles laissent entrevoir des influences néo-romanes. Le registre abordé dans les vitraux se rapportent aux vies de saints, dont  nombre d'entre eux sont locaux, tels que Bienheureux-Pierre-Chanel, Saint-Trivier, Saint-Vincent de Paul, ou encore Saint-Anthelme. L'ensemble des baies laisse filtrer une douce lumière qui baigne l'église dans une atmosphère de sérénité.

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Les vitraux de la crypte quant à eux, sont créés suite à une commande réalisée auprès du célèbre vitrailliste Claude Baillon en 1983. La verrière donne à la crypte une atmosphère tamisée dans les tons de bleus et de verts avec un motif harmonieux et abstrait, symbolisant le passage du terrestre au céleste, reflet de la griffe de l'artiste